Prenant en partie place dans l'ancien arsenal de Besançon, jadis occupé par la faculté de médecine, la MSHE Claude-Nicolas-Ledoux est un projet d'intervention dans le tissu urbain historique de Besançon.
L'ancienne usine de munitions conserve sa structure ainsi que ses façades et notamment ses arcades et l'intérieur est dégagé de tout obstacle afin d'obtenir un immense plan libre à aménager de manière optimale. En rez-de-chaussée, le bâtiment, aussi nommé « Bichard », contient les salles de réunions et de services tandis que l'étage est constitué de bureaux pour les chercheurs pour lesquels des baies plus grandes ont été percées. Les menuiseries en aluminium couleur bronze permettent de mieux intégrer ces nouvelles percées dans l'existant.
L'annexe neuve construite juste à côté abrite un auditorium de 160 places. Son volume permet de créer une progression entre les gabarits des maisons de la rue Charles Nodier et l'ancien arsenal. Ses façades traduisent aussi une progression du patrimonial vers le contemporain grâce à la conservation, toujours rue Charles Nodier, d'une façade de maison ancienne et grâce à l'angle de l'auditorium où les ouvertures sont plus libres dans leur placement et leurs dimensions. En revanche, l'usage de la pierre de parement ancre le bâtiment dans une dimension historique et monumentale qui s'intègre parfaitement dans son environnement.