Avec l'annexion de la Franche-Comté par la France au 17e siècle, il devient nécessaire pour les douanes de contrôler les chemins qui traversent la nouvelle frontière avec la Suisse.
En effet, les sentiers sont support d'un trafic et d'une contrebande qui tente d'outrepasser les nouveaux contrôles sur des échanges qui, jusqu'alors, se faisaient librement. Des postes de douanes sont mis en place le long de la frontière, souvent basés dans les villes et villages situés sur les points de passage comme Jougne. Puis des petites cabanes sont construites par les douaniers avec les matériaux et les moyens du bord afin de se protéger des éléments en basse saison et durant les tours de nuit.
La Bannerette, comme la plupart de ces cabanons, est un petit carré de bois et de tôle avec des fenêtres donnant sur le chemin qui évitait la route royale en direction de Vallorbe.